Um das Jahr 1100 erfolgte die Gründung der Kirchspiele Essen, Barkhausen und Lintorf. Wie dem historischen Kirchengemeindelexikon der Evangelisch-lutherischen Landeskirche Hannovers zu entnehmen ist, entstand die Kirche in Essen "wohl um 1100 als Eigenkirche (Kapelle) des Meierhofs. Mutterkirche war Ostercappeln.
Wann Essen zur eigenständigen Parochie, also dem Amtsbezirk eines Pfarrers, erhoben wurde, ist unbekannt.“ Sie wurde, so geht es aus dem · Gemeindebrief "800 Jahre St. Nikolai-Kirche Bad Essen“ hervor, "erstmals urkundlich erwähnt, als ein Dechant für Kirchenrechnungen in Essen bestellt wurde. 1224 bestätigt Kardinallegat Konrad von Urach den Dechanten von St. Johann in Osnabrück die Archidiakonalgerichtsbarkeit in Essen. Ein Archidiakon hatte die geistlichen Ämter in seinem Bezirk zu übertragen und die Amtsführung zu kontrollieren; er übt die Gerichtsbarkeit wie auch die Disziplinargewalt aus.“
Mit der Berufung des bisherigen Kaplans David Flote, dürfte in Essen endgültig die Reformation Einzug gehalten haben.“ Im Dreißigjährigen Krieg und auch nach den Beschlüssen des Westfälischen Frieden von 1648„verblieb Essen (...) den Lutheranern. 1662 lebten im Kirchspiel 1961 luth. und 14 kath. Einwohner.“
Das erste Kirchengebäude von St.-Nikolai, "eine einschiffige gotische Saalkirche mit einem dreijochigen Langhaus und gerade geschlossenem Chor, wurde nach seiner Zerstörung in einer Fehde zwischen den Bischöfen von Minden und Osnabrück (1436) erneuert.“ Albert von dem Bussche nahm sich um 1487 des Wiederaufbaus an. Der Chor wurde erneuert und 1491 die Einwölbung des Turnraumes abgeschlossen. Die Wiedereinweihung der Kirche war 1487. „Bereits zu Beginn des 17. Jahrhunderts hatten die von dem Bussche als Patronatsherren eine Renovierung der Kirche veranlasst. Um auch die luth. Gemeindemitglieder der kath. gewordenen Dörfer (u. a. des mehrheitlich von Evangelischen bewohnten Schledehausen) aufnehmen zu können, wurde sie 1662 um einen Anbau (sog. Neue Kirche) erweitert. 1786 folgte der Anbau der Sakristei. Im Zuge einer Generalsanierung wurde die Kirche 1964/65 im Innern umgestaltet. Eine erneute Innenrenovierung erfolgte 1998. ue
